浩瀚的太平洋上有一座美丽的兔子岛，碧海蓝天下生活着一群可爱的小兔子。可由于兔子岛上只有萝卜和白菜，兔子们的营养严重失衡，所以大家都得了一种怪病——红眼病，大家为此一筹莫展。
随着一阵沉闷而悠长的汽笛声。一种迷人的香气也随之传来，兔子们都沉醉其中。翌日，所有的兔子集中在在兔子岛议会大厅，开始了一场激烈的争论：
“这船上的食品会不会有问题呀？”
“这么香，一定是新品种的蔬菜吧。”
“我可不想上船去，太恐怖了。”
……
“不好啦！船上都是咱们的天敌——灰太狼带领的一群恶狼。他们都下船了。”门口的看门兔着急地大喊。大家听了都慌了神，这时诸葛兔站起来：“大家安静！狼族虽然是我们的天敌，但我们比他们灵动，而且我们还会打洞，这就是我们的优势所在。只要大家齐心协力，就一定可以打败他们。”
于是诸葛兔带着大家赶紧躲进了洞里。所有的兔子积极备战，有的挖洞，有的收集石块和坚果，还有的跟着扁鹊兔去采药并进行科学实验。
这天，狼群们终于来到了兔子的进攻范围之内，兔子们用核桃和石块通过小孔朝狼群发起了猛烈的攻击。狼群措手不及，有的被伤了眼睛，有的伤了腿，没受伤的赶紧逃走了。
灰太狼很生气，于是又想了一个办法，它们引来河水，用水淹了兔子洞。兔子们正在洞里庆祝胜利，却发现基地即将被水淹没，兔子洞的各个洞口都进了水。诸葛兔急忙组织兔子们向上打洞，这才躲过一劫。
忍者兔气得直跺脚：“诸葛兔，让我们去和狼群决一死战吧！”诸葛兔同意了，但临走时叮咛他们一定带上扁鹊兔。
扁鹊兔的行李可真多，瓶瓶罐罐地带了好几个包裹，包裹里是它刚研制出的新型武器——迷魂药。
夜晚，忍者们悄悄潜入狼营，它们静静地等着，直到恶狼们都睡着了，扁鹊兔点燃了包裹里所有的瓶子，释放出迷魂药，这时蒙着鼻子的忍者兔们挥动砍刀杀出来，像砍瓜切菜一样把大部分的狼都杀死了，只留下了灰太狼，兔子们把他绑得结结实实的，简直就像个粽子。
灰太狼被带回了兔子基地。兔子们建造了一座超大的投石机，又在所有兔子们的注视下，用投石机把灰太狼弹飞了。兔子们终于吃上了船上的新鲜蔬菜，并治好了红眼病。经过了这场磨难，兔子王国更加强大了。
