从前，有一个名叫尼尔斯的小男孩，非常调皮。尼尔斯不仅不喜欢读书，还经常捉弄家里的大、小动物。动物们都非常讨厌他。
有一天，尼尔斯的父母都去教堂了，把尼尔斯独自留在家里。他因捉弄了一个小精灵，被小精灵变成了一个拇指大小的小人儿。那些他曾经欺负过的动物，看到他变成了小人儿，都骂他、吓唬他。
一群大雁从天空飞过，家中的大雄鹅也想展翅，与它们共同飞翔。如果大雄鹅飞走了，妈妈一定会很伤心。尼尔斯为了不让大雄鹅飞走，就紧紧抱住它的脖子。
眨眼间，大雄鹅腾空而起，就把尼尔斯带着一起飞上了天空。从此，尼尔斯骑在雄鹅背上跟随着大雁们一起走南闯北，一直飞到最北面的拉普拉省，开始了一段神奇之旅。
在这次奇异的旅行中，尼尔斯不仅大开眼界，看到了大自然的美景，还结识许多新朋友，并且帮助了许多小动物。她帮助大雁解救小灰雁邓芬，帮助燕群逃离狐狸斯密尔的袭击，帮助大学生找到了丢失的书籍……
在帮助他人的同时，他也获得了快乐。结识了新朋友，他学到了很多优良品质，知道了以前犯下的种种错误。他从一个顽皮捣蛋、爱搞恶作剧的坏孩子变成了一个十分善良，富有同情心的好孩子。
最后，小精灵解除了尼尔斯身上的魔法。虽然他现在听不懂动物说话了，但那段快乐的旅程成了尼尔斯一生中最美好的回忆……
