在瑞典南部的一个小村庄里住着一个小男孩，他叫尼尔斯，他的父母都很善良，但家庭并不富裕，他是一个调皮捣蛋、不爱学习的坏孩子，他经常去欺负家里的小动物，所以大家都很讨厌尼尔斯。
因为有一次他因为调皮捣蛋被小狐仙变成了一个大小如拇指的小人儿，他四处寻找小狐仙，在这个过程中，他被之前欺负过的小鸡用嘴啄，被大鹅追赶，被牛嘲笑，被猫抓……
后来他又看见大鹅要和天空中的大雁去旅行，他立马抱住了大鹅，大鹅刚好腾空而起，没来得及抖掉尼尔斯就去旅行了。
在飞行途中，尼尔斯看见了自己祖国的大好河山，他又帮助大雁打走了狐狸斯密尔，舍身救助了大雁。大雁决定让他一同去旅行，所以尼尔斯又重新开始了旅游的生活，他去到了雕像国家的城堡里，被雕像国王追杀，最终是木头人救了尼尔斯的小命。
后来，尼尔斯救助了掉进工厂的乌鸦、提醒公熊逃走以及当他知道父母要杀鹅的时候它拼命救下了大鹅。最终，尼尔斯赢得了动物们的赞赏，在动物群中大名鼎鼎，尼尔斯变成了助人为乐的好孩子，他也变回了人形，回到了父母的身边。
