故事的主人公玛丽出生在印度，她是一位从小不被父母宠爱而倔强娇纵的小姐。因为一场霍乱，夺走了她的亲人和仆人的生命。玛丽成了孤儿，只好带着她那讨人厌的脾气来到了英国的米歇尔斯卫特庄园——她姑父克雷文先生的家，开始了她的神奇旅程。
因为妻子去世，克雷文先生常年不在家，让这座巨大的庄园变得死气沉沉而神秘，几乎没有人住在这里了。
玛丽整天无所事事，只好在庄园里闲逛，结识了和她一样臭脾气的园丁——老班和一只友好伶俐红胸知更鸟。花园的神秘、女仆玛莎、园丁老班和友好伶俐的知更鸟渐渐打开了玛丽久久关闭的心窗。细心的知更鸟知道玛丽变得值得信任，带她找到了关闭了十年之久的秘密花园的钥匙。
为了让花园“复活”，玛丽又认识了玛莎的弟弟——狄肯，在迪肯的带领下，他们一起在秘密花园里耕种，使花园从此焕发出盎然生机，到处充满了大自然的魔力。
而这座庄园的神秘还不止这些，连续几天夜晚，走廊的深处会传出一阵阵奇怪的哭声，抵挡不住诱惑，她循声竟找到了克雷文先生的儿子——脾气古怪的小少爷柯林，他一直病恹恹的，但自从他认识了玛丽以来，再也不“歇斯底里”，而是每天等玛丽从花园回来，一起分享花园的乐趣，并且打算当春天真正来临时，带他也去花园。
为了找到推轮椅的人，玛丽欣然推荐了狄肯，他是个很靠得住的男孩儿。多次推荐，小少爷让他也加入了这个秘密，一起在柯林的房间里谈着花园，计划着他们的秘密之旅。
没有想到，园丁老班竟然早已进过花园，见到了小少爷的毅力，也加入了他们，一起守护着这个秘密，他们相信魔法，他们相信花园独特的魔法，他们相信，克雷文先生之子会永远永远地活下去！
春天已早早到来，万物生长，秘密花园不仅奇迹般地重现生机，而且更加美丽。玛丽、柯林甚至克雷文先生心中的冰块，都被花园的独特魔法一点一点融化了。大自然用那神奇的魔法，创造了奇迹！
