1865年3月23日下午四点钟，在广阔的太平洋上，有一只热气球正随风飘荡着。突然，一场风暴来袭，使得空中的那只热气球落到海中，而热气球中的乘客们也都漂流到了一个小岛上。
这是一个无名岛，岛上并没有人生活过的痕迹。但是在乘客们踏上小岛的那一刻起，这座岛屿或许不再是荒无人烟之地了。
幸存者一共有五位。分别是：记者，水手，黑人和一个孩子。他们虽然流落荒岛，但是并没有绝望，而是团结互助，从最开始的一无所有，到最后不仅绘制出了小岛地形图并起名“林肯岛”；还制造了陶器、玻璃、风磨、电报机等一些日用品。总之，他们靠自己勤劳的双手建造起了幸福生活。
在这过程中，他们驯化了一只听话的大猩猩作为同伴。又建造了一只船，准备去不远处的达抱岛。在岛上，他们遇见了一个不会说话的野人，便把这个野人带回了林肯岛。后来这个野人透露了一点他的身世——原来他就是《格兰特船长的儿女》里那个狡猾的彭·觉斯，又叫艾尔通。
他们就这样生活了4年。可某天，岛上突然遭遇了海盗的袭击，艾尔通抱着自我牺牲精神想炸毁海盗船却不料被海盗抓住。可海盗船却依然奇迹般地被类似水雷的物体摧毁了。海盗残党挟持艾尔通在岛上流窜并打伤了赫伯特。赫伯特就此得了疟疾，需要奎宁来医治。但是他们没有。可这时候，奎宁又神秘的出现在他们住处的桌子上。一切都太巧了，就像有一个神秘人在暗中偷窥他们。
最终，他们还是打败了海盗，并见到了这位神秘人。原来他就是《海底两万里》里中的那位尼摩船长。他在同伴死去后，就把诺第留斯号停泊在岛下面。可火山爆发，诺第留斯号再也不能出海了，船长也就这样安详的死去了。但岛民们的冒险还没结束——林肯岛的火山即将爆发。他们日夜赶工建船想逃离，但天不遂人愿。他们的船被摧毁，只能在残余的小礁石上苟延残喘。可是又一个奇迹发生了——他们看见远方有船开来。原来船长生前曾开船去达抱岛为他们留下过字条，因此而获救。
回国后大家都幸福的生活着，他们像过去那样团结和睦，然而他们永远也忘不了那个生活了四年的海岛。尽管现在那里只是一片任由太平洋波涛拍打的花岗岩，尽管现在那里成了尼摩船长的墓地。
